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表达谱芯片

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Affy表达谱芯片

产品描述信息

基于Affymetrix平台的表达谱芯片覆盖物种广泛,产品种类齐全,主要包括3’IVT芯片和全转录本芯片两大类。利用表达谱芯片,研究人员可以快速高通量地检测实验样本与对照样本基因的表达水平,筛选出差异表达的基因,研究基因功能。

产品详细信息

 

 

3'端表达谱芯片和全转录组表达谱芯片


3'端表达谱芯片

主要针对基因3’末端上游约600bp的序列设计约11组PM-MM探针,这些探针检测到的信号值与靶标序列的表达水平存在线性关系。检测方法基于3’端扩增原理,芯片检测反义链。

 

实验流程

 

 

全转录组表达谱芯片

用随机引物法扩增靶标序列,因此其探针设计区域无需局限于3’末端,对于原核生物针对开放读码框来设计探针,对于真核生物针对基因的外显子设计探针。检测方法基于随机引物扩增原理,芯片检测正义链。全转录组分析方法让研究人员能够检测特定基因的多个转录本异构体,包括3’端检测方法可能错过的转录本,如可变剪切、非PolyA转录本、多PolyA位点转录本以及截短的转录本。对于HTA2.0芯片可以进行lncRNA的检测,同时也可以进行可变剪接的分析。

实验流程 

 

芯片推荐

表达谱芯片数据分析

 

成功案例

【案例一】:利用基因表达谱芯片分析植物抗逆反应机制 

Rice phytochrome-interacting factor-like protein OsPIL1 functions as a key regulator of internode elongation and induces a morphological response to drought stress. PNAS.2012 vol.109 no.39 15947-15952.

  干旱时植物生长和发育的最大制约条件,经常会导致作物的产量下降。为在干旱条件下也获取作物的高产量,解开应对干旱胁迫出现的生长降低的分子机制是必不可少的。本研究中,作者使用基因表达谱芯片对干旱胁迫下的水稻基因表达谱进行分析,证实PIF-like基因OsPIL13是调控水稻节间伸长减少的关键元件。

 

【案例二】: 基于基因表达谱芯片数据展开毒理学分析

Global gene expression profiling of human lung epithelial cells after exposure to nanosilver. Toxicol Sci.2012,130(1):145-57.

  银纳米粒子(AgNPs)是消费产品中应用最广泛的纳米粒子,被用于绷带,纺织品和家用物品(利用银的抗菌性能)。但是AgNPs对细胞转录组的影响目前知之甚少。在此项研究中,作者使用基因表达谱芯片对人肺上皮细胞系A549暴露在AgNPs下的表达谱变化进行分析。发生变化的基因包括金属硫蛋白成员,热激蛋白和组蛋白家族。暴露于AgNPs会使细胞内产生活性氧,但在实验浓度下不会引起凋亡和坏死。暴露于AgNPs也会干扰细胞周期。尽管AgNPsAg+对细胞的转录水平影响高度相关,但是由于其特殊的微粒形态,AgNPs对细胞的作用方式更为复杂。

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